El proceso de selección al Programa de Postgrado en Análisis y Modelado de Sistemas Ambientales sigue las directrices del Ministerio Público en relación con la transparencia y cumplimiento de la no identificación de los candidatos a lo largo del proceso.
El proceso de selección se da a través del análisis curricular de los candidatos, acompañado del análisis de una propuesta de proyecto de investigación y un memorial. El proceso es remoto y no presencial, lo organiza un comité formado por docentes del programa. Este modelo permite que el programa abra su proceso de selección a todo el país. La diversidad geográfica de los alumnos ingresantes aporta para que el programa mantenga y perfeccione los proyectos de investigación de carácter nacional e internacional. Se ofrecen 22 vacantes. Tradicionalmente el programa recibe entre siete y ocho becas anuales para los alumnos. Las becas se ofrecen a los candidatos que tengan mejores puntuaciones en el proceso de selección, excepto los casos en los que el alumno ingresante posee vínculo laboral.